Marnay, sur la route de l’Ognon, est un bourg fortifié sur la rivière. Le centre habité au pied du château date du XIIe siècle. Le château primitif, édifié pour surveiller le passage de l’Ognon et servir de refuge aux habitants, est dû à la famille de Chalon, branche cadette des Comtes de Bourgogne. Après les dominations successives dans le Comté de Bourgogne, la cité devient française lorsque la province est réunie au domaine royal par Louis XIV en 1678.

L’Église Saint Symphorien, inscrite en 1926, présente plusieurs périodes architecturales, du XIIe au XVIIe siècle : le clocher, restauré en 1991, de forme barlongue, sa base du XIVe siècle garnie de meurtrières à arquebuses, son sommet  reconstruit au XVe siècle par les Comtes de Neufchatel et coiffé d’une haute pyramide. L’église, ouverte en journée, conserve une magnifique pietà sculptée dans les ateliers de Brou où Laurent 1er de Gorrevod, seigneur de Marnay, dirigeait les travaux de la sépulture de Philibert le Beau. Citons également le tableau de la Vierge du Rosaire, début XVIIe siècle par l’école d’Holbein, les sculptures de saint Nicolas, de l’Éducation de la Vierge, de saint Sébastien, le Chemin de Croix en terre cuite émaillée. L’abside est ornée de grandes fenêtres de style gothique flamboyant avec des vitraux des XIVe et XVe siècles. 

L’Hôtel de Santans, aujourd’hui l’Hôtel de Ville, est un bel exemple Renaissance de l’architecture civile urbaine au XVIe siècle. Classée MH en 1915, sa large façade, en pierres de calcaire ocre veiné de bleu extraites des carrières des environs, comporte deux niveaux aux fenêtres à meneaux souvent jumelées et a conservé le blason des Santans. L’arc en plein cintre du porche est surmonté d’une table à consoles, inspirée des temples antiques. 
Par les rues de paysans, rue Bizot et rue Gambetta (ancienne rue des Tisserands), la promenade conduit à la ferme Chapuis, à l’ancien Hôtel des princes de Montbarrey, seigneurs de Ruffey-le-Château, et à la ferme Bouchaton. 

Les vestiges du vieux château permettent d’admirer, après la porte d’entrée où subsiste la loge des flèches du pont-levis, le logis seigneurial dans la cour intérieure, les restes du pavillon des archives et la tour polygonale, dont l’escalier conserve l’ange jouant de la cornemuse.Aujourd’hui la Petite Cité Comtoise de Caractère est un bourg très animé avec son tissu associatif actif, ses commerces de proximité, une base de loisirs et un camping **** au bord de l’Ognon pour les amateurs de tourisme familial, au coeur d’une vallée à la nature encore épargnée.